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1.倉儲配送成本高，全程冷鏈運輸難以保證
冷鏈藥品對物流環境溫度要求較高，這就對藥品的倉儲及配送運輸環節的硬件設備提出了很高的要求，且相關冷鏈設施設備的操作及維保必須專業化，定期組織進行驗證，確保正常使用，降低故障率。無論廠家的冷鏈物流是自營還是委托第三方，由于要求高、線路長、能耗大，高出普通貨物的噸公里計費數倍。此外，還需要采用信息網絡、大數據分析等對藥品的溫度實施監控與傳輸，這部分費用也非常高，對于普通中小型藥品生產企業而言，成本壓力很大。在高昂的成本下，全程冷鏈運輸變得難以保證。
2.委托存儲配送增加管控風險，監管體系建設不健全
中小型醫藥企業大多選擇委托第三方進行藥品的存儲及配送，這在一定程度上緩解了生產企業建設和運營的資金壓力，但新增的“冷鏈接力”環節也增加了質量管控的風險。從原材料供應、工廠生產、存儲、運輸至銷售等任意一個物流環節出現問題，溫度超限，都將對藥品造成巨大質量風險和安全隱患。且目前全國各地全程可追溯的醫藥冷鏈物流監管體系建設情況參差不齊，數據的真實性、完整性無法得到保障，出現藥品質量問題時很難通過系統提供的數據判定責任。
3.醫藥冷鏈物流管理的專業人才短缺
醫藥冷鏈物流屬于專業領域控制溫度的供應鏈系統物流，從業人員不僅需具備專業的物流理論知識和技能，還要對藥品專業知識有一定了解，而目前高校并無醫藥物流專業方向，物流專業人才很難做到對醫藥知識的全面了解，大多需要進入行業后企業二次培養。
企業以生存經營為主，承擔教育責任感有待加強。特別是冷鏈物流企業屬于擴張發展期，缺乏根據自身特點和對人才的需要，與院校在人才培養和技術創新等方面開展合作的動力和前瞻性。院校課程教學模式的靈活性不足，難以結合市場需求提供解決企業員工實際的課程、師資、實驗設施設備等資源。企業需求和專業設置、企業標準和教學標準、生產過程和教學過程存在一定錯位現象，企業對通過校企合作、院校培養促進內部人力資源優化配置信心不足。尤其當前云計算、物聯網等新技術的不斷成熟和應用，對人才要求更加復合跨界，能跟上醫藥智能冷鏈物流技術發展的人才少之又少。